大分子相互作用蛋白鑒定是深入理解目標(biāo)分子作用機(jī)制的基礎(chǔ)。細(xì)胞很多重要功能都是生物大分子以及大分子與信使分子相互作用的介導(dǎo)的，包括信號(hào)傳導(dǎo)、基因表達(dá)調(diào)控、細(xì)胞生理功能的執(zhí)行。生物大分子的相互作用包括DNA、RNA和蛋白質(zhì)互相作用蛋白。常用的研究策略包括Pull-down實(shí)驗(yàn)，免疫共沉淀（Co-IP）和串聯(lián)親和純化（Tandem affinity purification，TAP）以及酵母雙雜交等。
1、核酸與核酸互作
miRNA可以與mRNA結(jié)合調(diào)節(jié)體內(nèi)基因的表達(dá)，通過(guò)影響蛋白的表達(dá)、修飾、酶活性等來(lái)調(diào)節(jié)生命活動(dòng)的進(jìn)行。lncRNA作為體內(nèi)的ceRNA，可以與miRNA結(jié)合起到調(diào)節(jié)基因表達(dá)的作用。研究lncRNA與miRNA的相互作用對(duì)于研究生命具有重要的意義。通過(guò)MS2-RIP和靈敏度更高的雙螢光素酶技術(shù)，來(lái)研究lncRNA和miRNA的相互作用。
2、核酸-蛋白互作
蛋白與核酸的相互作用廣泛存在于生命活動(dòng)的調(diào)節(jié)中。基因的復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、翻譯、修飾等過(guò)程都離不開(kāi)核酸和蛋白的互作。
3、蛋白-蛋白，蛋白與抗體互作
蛋白是生命活動(dòng)的執(zhí)行者，可以以單一分子或者復(fù)合體形式執(zhí)行生命活動(dòng)。蛋白分子間相互作用是蛋白分子組建復(fù)合體、執(zhí)行功能的一個(gè)途徑。
4、小分子化合物與蛋白互作
篩選和發(fā)現(xiàn)小分子藥物結(jié)合靶點(diǎn)蛋白是解析藥物作用機(jī)理和藥物研發(fā)的基礎(chǔ)。
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